Le premier château du domaine de Vilgénis date de 1216 ; son occupant était le seigneur Hugues de Villa Genis. En 1852, le prince Jérome Bonaparte, frère de l’Empereur, acheta le domaine de Vilgénis et l'agrandit. Il y séjourna près de dix ans, habitant dans le bâtiment actuel édifié par M. Delorme au début des années 1820.
Aujourd’hui, l’ensemble du domaine appartient à Air France, qui en a fait un centre de perfectionnement pour pilotes.